Цены и ценообразование всегда оказывали большое влияние на результаты финансовой деятельности и положение предприятий агропромышленного комплекса. Но особенно усилилась их роль в последнее время в связи с переходом к рыночным условиям хозяйствования. Система цен в агропромышленном комплексе включает закупочные цены и различные надбавки к ним, оптовые цены на промышленную продукцию, поставляемую сельскому хозяйству, оптовые и расчетные цены на продукцию перерабатывающих предприятий агропромышленного комплекса, государственные розничные цены на продовольственные товары, тарифы за услуги по переработке сельскохозяйственного сырья предприятиями перерабатывающей промышленности на давальческой основе, цены в бартерных операциях, другие цены и тарифы.
В такой системе входными являются цены на средства производства и услуги для сельского хозяйства, а выходными — цены на продукцию перерабатывающей промышленности. Цены на сельскохозяйственную продукцию занимают промежуточное положение. Так как аграрные отношения занимают основное место в системе экономических взаимоотношений в агропромышленном комплексе, и эти отношения отличаются (по причине естественных факторов производства) наибольшей сложностью, то обоснование закупочной цены на отраслевом уровне занимает важнейшее место в формировании системы цен агропромышленного комплекса.
Созданию конкурентного рынка способствуют государственные меры по ликвидации препятствий для передвижения товаров и капиталов, развитию биржевых форм товарооборота и рыночной инфраструктуры, формированию кооперативов по сбыту и потребительских.
Регулирование рыночных отношений предполагает установление в законодательстве закупок государством сельскохозяйственной продукции и объявление заранее закупочных цен, возможность приема в залог сельскохозяйственной продукции по заранее обусловленным залоговым ценам, выделения дотаций при покупке отдельных видов сельскохозяйственной продукции. При этом должно допускаться льготное кредитование, льготное налогообложение, страхование от коммерческого риска. В рыночной практике применяется гарантирование закупочных цен, предназначенных для поддержания доходов сельскохозяйственных производителей